eLabFTW@INRAE : vers le déploiement d’une solution cahier de laboratoire électronique à INRAE

L’émergence des technologies numériques pour l’acquisition de données expérimentales et leur traçabilité amène à faire évoluer les pratiques de recherche au sein des laboratoires, et en particulier à se tourner vers des solutions numériques de traçabilité des opérations de recherche que l’on nomme « cahiers de laboratoire électroniques ».  

Ce projet s’inscrit dans le cadre du plan « Données pour la science » d’INRAE, et vise à mettre à disposition de toutes les communautés de l’établissement un Cahier de Laboratoire Électronique (CLE), véritable outil scientifique, avec deux objectifs majeurs :

• faciliter et améliorer la traçabilité des recherches, l’intégrité scientifique, la gestion des données, la recherche d’informations et la datation des expériences ;
• asseoir la certification de l’origine des travaux et répondre aux obligations légales et contractuelles en apportant la preuve de la paternité de ces travaux.

Outre le fait de faciliter la collaboration au sein des programmes de recherche, le CLE fournit en plus les métadonnées nécessaires et les informations utiles à la description des données brutes et des dispositifs d’acquisition.

INRAE prévoit d’ouvrir en 2025 une offre de service de cahiers de laboratoire électroniques basée sur la solution eLabFTW, reposant sur deux scénarios de déploiement.

Contexte et enjeux 

Le projet  de Cahier de laboratoire électronique à INRAE (CLE INRAE) a débuté dans le cadre des missions du groupe de pilotage du deuxième objectif stratégique pour les données (OSD2). « Produire, partager et réutiliser des données pour une recherche ouverte et reproductible » du plan « Données pour la Science » d’INRAE, qui propose en 2022 une stratégie et une feuille de route pour développer l’utilisation de cahiers de laboratoire électroniques par les unités de l’Institut.

Un groupe de travail piloté par François Ehrenmann et Tovo Rabemanantsoa est alors constitué, et se compose de dix agents INRAE aux profils divers et variés (ITAs et chercheurs, DipSO, DSI, DIAGONAL). Ce groupe de travail est chargé de produire des recommandations sur les contours d’un service INRAE permettant l’utilisation par ses unités du CLE eLabFTW [1]

Ces recommandations tiennent compte des conclusions du groupe de travail du comité pour la science ouverte (CoSO) [2] [3] et s'inspire de la démarche du CNRS [4], notamment dans le choix de l'outil (eLabFTW), ainsi que des résultats d’enquêtes réalisées par le groupe et DIAGONAL. Le but de ces recommandations et les enjeux sont clairs : permettre à toutes les communautés et structures de l’établissement d’accéder facilement au cahier de laboratoire électronique eLabFTW.

La Science Ouverte et les principes FAIR [5] s'appliquent à l'ensemble du cycle de vie de la donnée. Le CLE intervient pendant toute la phase de réalisation interne des projets de recherche, de la phase de création/collecte à l’étape d’accessibilité/partage. Il favorise une meilleure gestion des données et un accès distant, une réponse pertinente aux enjeux de la fiabilité et de la reproductibilité des expériences, et fournit les métadonnées nécessaires et les informations utiles à la description des données.

Le déploiement et la maintenance d'un CLE peut être une responsabilité lourde à porter par les unités de recherche ou expérimentale. C'est pourquoi il est envisagé de proposer deux modes de déploiement distincts, dont un de type "offre de service en SaaS¹ externalisé" qui permettra de dégager du temps dédié à la science sans se soucier des parties informatiques techniques.

Résultats 

Les deux scénarios de déploiement retenus sont :

1.    eLabFTW est accessible en mode service web dans le cloud (SaaS reposant sur une infrastructure avec hébergement opéré par un prestataire, serveurs labellisés SecNumCloud avec des règles de sécurité accrues) ;

2.    eLabFTW est installé et maintenu de manière autonome par la structure qui est en capacité d’en assurer l’exploitation (On premise reposant sur une infrastructure proposée par la DSI ou sur des serveurs internes, suivi des mesures de sécurité définies par le RSSI).

Dans le cadre du scénario SaaS, INRAE devient partenaire du CNRS dans le cadre du renouvellement de son marché eLabFTW. L’appel d'offres est en cours.

Dans le cadre du scénario On premise, une procédure d’installation de eLabFTW respectant le cadre technique et de sécurité défini par INRAE est disponible.

Des instances de tests sont également accessibles pour les unités désirant se faire une idée de l’outil avant de prendre une décision sur son utilisation potentielle dans ses collectifs (GEDEOP, CANULAR).

Perspectives

Déploiement

• Offre de service SaaS externalisé – En attente du retour des réponses à l’appel d’offre et des négociations avec le ou les prestataires.
• Offre de service On premise  – Installation par chaque structure/groupe de structures (avril-mai 2025).

Parcours d'accès

• S’informer : webinaires de présentation, informations générales, instances de test.
• Demande d’accès : guichet unique pour instruire les demandes d’ouverture et orienter les structures (portail Ariane) – Scénario SaaS obligatoire pour ZRR.
• Mise en place, accompagnement et formation  – Documentation complète et FAQ avec supports utilisateurs (espace dédié Nextcloud/site projet CLE identique à celui de la Forge/Forum DipSO/Canal Mattermost).
• Formation des pilotes CLE au sein des structures via un réseau de formateurs piloté par DIAGONAL.

Valorisation

• Les avancées du projet eLabFTW@INRAE ont été présentées durant les plénières [6] des journées des RDO en novembre 2024 et ont également fait l’objet de deux ateliers. Le premier atelier, dispensé par une intervenante du CNRS, a permis aux participant(e)s de découvrir eLabFTW, la philosophie de l'outil, les fonctions principales, la prise en main et les notions d'expérimentations. Il avait également pour objectif d'accompagner des collectifs pour l'adoption d'un CLE. Le second atelier proposait de clarifier la démarche du choix de l'installation (SaaS ou On premise) et de mettre en avant les points d'attention pour les deux modalités, puis de délivrer des recommandations afin de réussir le déploiement.
• Plusieurs interventions ou webinaires sur le projet  eLabFTW@INRAE ont été programmées en 2024, notamment dans le cadre des animations proposées par le pôle management par la qualité (PMQ) lors de la journée mondiale de la Qualité du 21 novembre.
• Autres valorisations...

Références bibliographiques

[1] ELabFTW - Open Source Laboratory Notebook. (s. d.). https://www.elabftw.net/

[2] Badolato, A. (2025, 7 janvier). Cahiers de laboratoire électroniques. Ouvrir la Science. https://www.ouvrirlascience.fr/cahiers-de-laboratoire-electroniques

[3] Mathieu, G., Pigeon, D., Rabemanantsoa, T., Chipeaux, C., Duvillard, S. & al. (2021). Rapport du groupe de travail sur les cahiers de laboratoires électroniques. [Rapport de recherche] Comité pour la science ouverte. ⟨hal-03563244⟩

[4] Léon, N., & Libri, D. (2021). Analyse de l’enquête sur les cahiers de laboratoire électroniques au CNRS. https://www.datacc.org/wp-content/uploads/2021/02/analyse_enquete_cle_cnrs_2020.pdf

[5] Produire des données FAIR. (s. d.). La Science Ouverte À INRAE. https://science-ouverte.inrae.fr/fr/le-numerique-pour-la-science-et-les-donnees-scientifiques/produire-des-donnees-fair

[6] Les cahiers de laboratoire numériques. (s. d.). CC-Webcast. https://webcast.in2p3.fr/video/les-cahiers-de-laboratoire-numeriques

1. SaaS : Software as a Service est une solution logicielle applicative hébergée dans le cloud et exploitée en dehors de l'organisation ou de l'entreprise par un tiers, aussi appelé fournisseur de service.